A Belső Ellenőrzési Főosztály – a normatív utasításban számára meghatározott feladatokon túl – támogatja a Bkr.-ben, normatív utasításban, valamint a belső ellenőrzési kézikönyvben a főjegyzőnek és a belső ellenőrzési vezetőnek megállapított feladatok ellátását. A Belső Ellenőrzési Főosztály ellátja a Főpolgármesteri Hivatal és a fővárosi nemzetiségi önkormányzatok belső ellenőrzését, a költségvetési szerv önkormányzati intézmények Bkr. szabályai szerint végzett ellenőrzését, a Fővárosi Önkormányzat többségi tulajdonában lévő gazdasági társaságok Bkr. szerinti ellenőrzését, továbbá a Fővárosi Önkormányzat által biztosított vagy juttatott vagyon, illetve anyagi támogatások szabályszerű felhasználásának ellenőrzését. A Pénzügyi, Számviteli és Vagyonnyilvántartási Főosztállyal együttműködésben gondozza az egységes hivatali pénzügyi információs rendszer (a továbbiakban: PIR) belső ellenőrzési modulját.
A Főosztály, a hatékony munkaszervezés érdekében feladatainak, tevékenységének ellátására ellenőrzési csoportokat működtet, melyek a következők:
1. Társasági ellenőrzési csoport
Elsődleges feladata: az éves ellenőrzési tervben meghatározottak szerint a Fővárosi Önkormányzat többségi befolyása alatt álló gazdasági társaságokat érintő ellenőrzések, vizsgálatok lefolytatása, továbbá a társaságok, Alapítványok részére az Önkormányzat által biztosított vagy juttatott vagyon, illetve anyagi támogatások felhasználásának ellenőrzése, vizsgálata.
2. Hivatali ellenőrzési csoport
Elsődleges feladata: az éves ellenőrzési tervben a Hivatalt érintő ellenőrzések, vizsgálatok lefolytatása, továbbá megállapodás alapján a fővárosi területi nemzetiségi önkormányzatok (NÖK) belső ellenőrzési feladatainak ellátása.
3. Intézményi ellenőrzési csoport
Elsődleges feladata: az éves ellenőrzési tervben az Önkormányzat által fenntartott költségvetési szerveket érintő ellenőrzések, vizsgálatok lefolytatása.